In een aantal regio’s werkt de provincie bestuurlijk nauw samen met andere overheden om ons beleid te realiseren. Het gaat om samenwerkingsverbanden voor het Waddenzeegebied (Regiecollege Waddengebied en stuurgroep Waddenprovincies), Laag Holland (gebiedscommissie), Groene Hart (stuurgroep), Gooi- en Vechtstreek (stuurgroep), de Metropoolregio Amsterdam en de Nationale Parken van Texel en Zuid-Kennemerland.
In 2018 hebben Provinciale Staten van Noord-Holland, Groningen en Friesland het Investeringskader Wadden vastgesteld. Dit investeringskader benoemt een aantal grote opgaven voor het waddengebied. Daarnaast is in 2018 aan 10 projecten subsidie verstrekt op grond van de ‘uitvoeringsregeling cofinanciering Waddenfonds Noord-Holland 2014’. Het gaat onder andere om bijdragen voor de realisatie van een natuurbeleefcentrum aan de rand van het natuurgebied Waalenburg op Texel, de aanleg van de vismigratierivier in de Afsluitdijk, het project ‘Boeren meten water’ waarbij boeren en waterschappen met elkaar samenwerken op het gebied van waterbeheer en de ontwikkeling en bouw van een nieuwe innovatieve biogasinstallatie.